Se a consulta estiver sendo executada em um grande conjunto de dados (como o SQL Server Express 2008 não usará mais de 1Gb de RAM, e isso é compartilhado entre todos os dados, algumas centenas de Mb são muito grandes), o problema pode estar relacionado ao disco. Alguma outra coisa faz mal na máquina?
Se você executar o "monitor de desempenho e confiabilidade" (disponível no Vista, 2008 e 7), o que mostra o tempo de atividade do disco? Se isso for alto, o processo estará esperando por E / S. Se a sua unidade não estiver em bom estado, poderá encontrar erros recuperáveis, mas demorará a responder por causa deles. Verifique os parâmetros SMART da unidade para ver se ela registrou um problema - se ela tiver substituído a unidade o mais rápido possível.