Por favor, coloque sua atualização como resposta e aceite-a como correta:)
Além do bug com o qual você respondeu, a outra vez que acontece é ao acessar o conteúdo dentro da página que não usa HTTPS. O aviso não é sobre a localização dos arquivos no servidor. Coloque apenas os arquivos que você deseja acessar na Web no diretório; que inclui seus certificados.
Por exemplo, se você acessar uma página usando https: //, mas em seu HTML você tem tags img com um src usando http:// (src="http://"), então você terá esse conteúdo misto aviso.