1) Fazer um backup completo vai pegar tudo na unidade, se for apenas um volume. Se você tiver mais de um volume na unidade, poderá escolher apenas um deles por meio da opção Backup personalizado.
2) O Backup do Windows deseja formatar a unidade de destino em qualquer backup completo, e fará isso antes de gravar o backup completo atual.
3) Não tenho certeza sobre a questão do tamanho - isso é estranho.
Parece que o Exchange 2010 oferece a você um provedor de serviços de instantâneo de volume para permitir a captura instantânea do volume e a verificação de consistência dos dados do Exchange antes do backup.
Acho que para uma solução "Backup apenas de dados do Exchange" você precisaria de uma solução de terceiros como Symantec, CommVault, etc.