Resposta curta, não, o IIS não será executado no Windows Mobile.
Resposta longa (leia-se: solução alternativa), o melhor para desenvolver uma versão do WinForms (móvel) usando o SQL CE.
Se você escrever bem o seu código, coloque toda a sua lógica de negócios dentro do mesmo assembly, então você pode construir uma interface web regular (asp.net e / ou asp.net-mvc) que implementará sua lógica de negócios, a gravação a versão WinForms Mobile mencionada anteriormente, implementando a mesma biblioteca de classes para a lógica de negócios.