eu encontrei uma solução muito mais rápida! basta clicar com o botão direito em cada caixa de entrada e selecionar propriedades. Em seguida, na guia "Informações gerais", selecione "Reconstruir índice". isso levou cerca de 30 segundos e limpou tudo!
$ df -h
Filesystem Size Used Avail Use% Mounted on
/dev/sda1 895G 120G 730G 15% /
none 4.0G 300K 4.0G 1% /dev
none 4.0G 1.5M 4.0G 1% /dev/shm
none 4.0G 140K 4.0G 1% /var/run
none 4.0G 0 4.0G 0% /var/lock
none 4.0G 0 4.0G 0% /lib/init/rw
$ du -ch | grep [0-9]G
2.2G ./.VirtualBox/Machines/iBike/Snapshots
2.2G ./.VirtualBox/Machines/iBike
2.2G ./.VirtualBox/Machines
2.2G ./.VirtualBox
4.3G .
4.3G total
longe! de 667GB para menos de 1GB em 30 segundos !! aquilo foi rápido! :)