Você pode escolher qual arquivo o apache mostra para o índice usando a diretiva DirectoryIndex . Você pode até fornecer uma lista de arquivos que serão usados por vez (se o primeiro não estiver disponível, tente o segundo, e assim por diante).
Você também pode fornecer um arquivo que não esteja no mesmo diretório (por exemplo, um script cgi-bin que monta um índice).
Se você usar mod_autoindex
, também poderá ter várias opções para a indexação automática que ocorre quando nenhum arquivo de índice é encontrado. É claro que o autoindex só acontece em pastas que você disse ao apache para fazer isso com a opção +Indexes
. Leia mais sobre mod_autoindex
na documentação do apache.