Eu nunca executei o Filezilla Server, então não sei se ele tem alguma maneira interna de lidar com isso. Mas supondo que ele possa lidar com junções NTFS, essa é uma solução bastante fácil. Basicamente, abra um prompt de comando no diretório inicial ou onde quer que os pontos de montagem estejam e use o seguinte comando:
mklink /j E_Drive e:\
mklink /j F_Drive f:\