Minha preferência pessoal é o Debian. A comparação é entre o Debian Stable e o Ubuntu LTS, eu presumo. O Ubuntu tem uma forma um pouco mais formalizada (organizada pela distro) para obter suporte comercial.
Outra consideração é a versão do kernel que você estará obtendo (presa).
Note que o Debian está no momento de escrever nos estágios finais de uma nova versão (que você pode pré-optar hoje instalando o squeeze - note também que os estágios finais não possuem prazo e podem ser arrastados). / p>
Segunda nota: não deveríamos estar chamando de Debian / Linux agora, a coisa do kernel do FreeBSD está indo muito bem.