Você deve ser capaz de encapsular a conexão ssh através do ssh.company.com para o servidor interno, usando o X forwarding e, em seguida, iniciar o nautilus na máquina remota.
Isso deve funcionar, embora você precise ajustar as coisas se ainda não tiver chaves e nomes de usuário configurados corretamente.
ssh -t -X ssh.company.com ssh -X internalserver nautilus