Estou hesitante em entrar nisto como uma resposta porque não tenho muito apoio concreto para isso, mas pode ser a causa do problema que você está vendo. Eu já ouvi antes (e esta página suporta isso) que o agendamento de CPU VMWare tem mais difícil quando uma VM tem várias CPUs. Para uma única VM de CPU, apenas um único processador de host precisa ser planejado. No entanto, quando uma VM tem mais de um, o VMWare precisa programar vários processadores para estarem disponíveis para a VM, o que pode levar mais tempo. Isso se tornaria mais e mais difícil de programar à medida que o número de CPUs de VM aumenta, o que significa que a VM realmente vê um desempenho pior porque tem mais dificuldade em obter o tempo do processador alocado a ela.
Além disso, reli seu último comentário e também tenho tido problemas ultimamente com a contenção no vSphere. Outra coisa que você pode querer tentar (se ainda não o fez) é aumentar a alocação de recursos para essa VM, mesmo que seja a única VM existente no momento.