Meu palpite é que você está logando em um dos formatos de "Arquivo de Texto". Eles não podem ser usados se você quiser que a atividade dinâmica (novos processos, etc.) seja capturada.
Em vez disso, use o formato "Arquivo binário" para capturar seus dados. Isso permitirá que o perfmon capture qualquer atividade dinâmica para os contadores que você atribuir.
Quando a coleta estiver completa, se desejar abrir o log no Excel / etc, você poderá usar o programa relog.exe
(incluído no Windows ...) para converter o arquivo binário em um arquivo de texto. A sintaxe é:
relog.exe logfile.blg -f csv -o logfile.csv