Se você criar uma tabela depois de ativar a opção innodb_file_per_table
, todo o conteúdo da tabela deverá ser armazenado em arquivos exclusivos da tabela.
Em caso de falha ...
Se não for um problema manter os logs binários indefinidamente, você pode fazer um dump de dados antes de carregar qualquer dado. Esse despejo inicial pode ser usado para inicializar a replicação. Então é só uma questão de esperar que a replicação se atualize antes de tentar fazer a troca.
Como alternativa, se você já estiver usando a replicação para backups, poderá configurar a replicação no servidor de backup. A penalidade óbvia é que os backups ficariam offline durante o despejo do banco de dados.
Terceira opção, você sempre pode copiar todo o conteúdo do MySQL para um novo servidor, iniciá-lo e depois soltar qualquer coisa que não esteja usando.