Eu não sei exatamente porque a interface é limitada e possivelmente contra-intuitiva como essa. Estou pronto para reduzir a complexidade e adicionar padrões saudáveis. Para um usuário de desktop, isso geralmente faz sentido. No entanto, se você estiver usando um servidor, não usaria esse método e, por isso, adicionarei algumas informações sobre alternativas que oferecem mais flexibilidade, às custas da complexidade. Eles também fornecem a você (com um pouco de tempo para se familiarizar com eles) uma visão mais clara de quais ações serão executadas.
No lado do servidor, a maneira padrão de configurar isso é provavelmente usar atualizações autônomas. Essa também pode ser a melhor maneira de fazer isso na área de trabalho.
Aqui está um guia decente sobre isso (e alguns outros métodos do Ubuntu): link
Observe que este guia não desestimula o uso do Gerenciador de Atualizações do Gnome, que é a GUI a que você está se referindo. Esta é uma página wiki editável pelo usuário, então estou arriscando isso para combinar ferramentas de servidor e desktop. (Embora seja possível instalar, por exemplo, o Gnome em um servidor também.)
Outro método mencionado é o cron. O Cron tem a vantagem de ser bastante transparente no que faz e oferece um excelente controle, já que ele é tipicamente configurado manualmente. Infelizmente, isso também tem a consequência da capacidade de manutenção ser limitada a qualquer sistema que você mesmo crie.
Um método mais antigo, mas ainda disponível, é usar o cron-apt. Eu usei isso nas caixas do Debian, e ele funciona no Ubuntu também. Eu acho que a documentação é horrível, no entanto.
O cron-apt pode, opcionalmente, enviar e-mails por status e atualizações. Aqui está um exemplo:
CRON-APT RUN [/etc/cron-apt/config]: Wed Feb 9 04:00:01 CST 2011
CRON-APT SLEEP: 1315, Wed Feb 9 04:21:56 CST 2011
CRON-APT ACTION: 3-download
CRON-APT LINE: /usr/bin/apt-get dist-upgrade -d -y -o APT::Get::Show-Upgraded=true
Reading package lists...
Building dependency tree...
Reading state information...
The following packages will be upgraded:
libfreetype6
1 upgraded, 0 newly installed, 0 to remove and 0 not upgraded.
Need to get 0B/385kB of archives.
After this operation, 0B of additional disk space will be used.
Download complete and in download only mode
Uma página curta mas útil no cron-apt pode ser encontrada nas Atualizações de Segurança Automáticas do TurnKey Linux página. As descrições funcionam aqui porque o TurnKLey Linux é baseado no Ubuntu. Seu uso do cron-apt é atualizado de forma mais agressiva, sobre o qual eles têm isto a dizer:
Na prática, descobrimos que é muito raro para uma atualização de segurança do Ubuntu para quebrar alguma coisa, então acreditamos que é benéfico para configurar software aparelhos para atualização automática de segurança correções por padrão. Usuários avançados podem sempre desabilite este mecanismo e aplicar correções de segurança manualmente se quer.