Não há como aplicar um modelo (.STP) a um site existente. Não há nem mesmo uma maneira fácil (até onde eu sei) de aplicar um modelo de definição de site separado (o "modelo de site" escolhido na configuração inicial do site) para um site existente. Mesmo se você pudesse fazer isso, remover o conteúdo existente no site provavelmente não faria parte do processo.
A coisa mais próxima em que posso pensar que conseguiria o que você deseja seria criar um novo Recurso do SharePoint que contém as listas / etc. que você quer, e habilitar isso nos sites. Você pode até mesmo grampear o Recurso para modelos de definição de site específicos para que qualquer site criado com esse modelo sempre tenha o Recurso ativado. Eu não acho que você pode ter um recurso excluir listas existentes em um site embora.