tente isto:
cd ~/src/yuicompressor-2.4.2/
JAR='pwd'/yuicompressor-2.4.2.jar
JAVA='which java'
echo "$JAVA -jar $JAR" > yuicompressor.sh
chmod +x yuicompressor.sh
sudo ln -s yuicompressor.sh /bin/yuicompressor.sh
agora você (e outros usuários) devem poder executar o yuicompressor.sh de qualquer lugar