Não use o VMWare Server da maneira que você descreveu. O problema de "encaixar" uma VM no VMware Server é que tudo que você obtém é um instantâneo do disco naquele momento. Não há absolutamente nenhuma garantia de que a imagem no disco seja consistente.
Leve o seu servidor SQL, por exemplo. Os arquivos no disco não são necessariamente consistentes devido a ações que podem estar sendo gravadas, armazenadas na memória ou qualquer outra coisa. Tirar um instantâneo do sistema de disco da VM não é diferente de puxar o plugue em um servidor real - o sistema de arquivos e os aplicativos contidos nele podem, ou não, sobreviver.
Para fazer isso corretamente, você precisa
- sinalizar os aplicativos na VM para gravar estados consistentes em seu disco
- libera os buffers de disco para o disco virtual
- faça seu instantâneo
- sinalizar aos aplicativos na VM que o instantâneo está concluído e eles podem começar a fazer alterações novamente
- faça seu backup
- libere seu instantâneo.
Há um motivo pelo qual as ferramentas de backup geralmente custam dinheiro. Fazê-lo corretamente não é trivial, e quando sua empresa está na linha você está disposto a pagar pela possibilidade de ter alguém que é um especialista ajudá-lo em situações de emergência. Ferramentas para VMs geralmente custam ainda mais dinheiro, devido ao investimento extra que uma infraestrutura de VMs implica.