Você não pode. A Microsoft diz especificamente na Visão geral do filtro ISAPI :
ISAPI filters always run on an IIS server, filtering every request until they find one they need to process. The ability to examine and modify both incoming and outgoing streams of data makes ISAPI filters powerful and flexible.
Para ser seletivo, talvez você prefira usar uma extensão ISAPI , já que neste caso a própria URL especifica a DLL para a qual a solicitação é direcionada. Nesse caso, a DLL precisa lidar com toda a solicitação.