Parece que você não sabe se isso é uma falha de rede ou um problema de roteamento (ou comunicação). Wireshark pode ajudá-lo a descobrir se isso é um problema de comunicação. Para saber se isso é uma falha de hardware devido a grandes quantidades de largura de banda ou tipos de comunicação de alto tráfego entre os servidores, o iPerf pode ajudá-lo. No entanto, o iPerf não mostra estatísticas sobre outro tráfego. Ele apenas informa seus próprios testes para cima e para baixo no fluxo. Para isso eu sugiro mtr (linux) ou winmtr (windows) para medir possíveis problemas de latência, perda de pacotes, alta instabilidade assim como outros dados úteis entre hosts.
Wireshark: texto alternativo http://ostatic.com/files/images/Wireshark%281%29.jpg
MTR ou WinMTR: texto alternativo http://locobox.googlepages.com/mtrsavedw.jpg