Você não deve ver nenhum problema de desempenho perceptível, supondo que tudo esteja bem com sua rede e domínio. Você provavelmente verá problemas de representação / delegação antes de começar a ver problemas de desempenho.
Em nosso aplicativo de servidor, usamos uma conta única para acessar o SQL Server. Nós costumávamos usar a autenticação SQL. Agora estamos pensando em remover as credenciais dos arquivos de configuração; e uma das soluções é usar a Autenticação do Windows.
Estamos mais preocupados com o desempenho. Existe alguma diferença?
Outro problema, é o controlador de domínio que ocasionalmente pode estar inativo. O SQL poderá autenticar neste caso?
O que você acha?
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