Você pode querer alterar o tipo de mecanismo de armazenamento que está usando. Normalmente, o mecanismo MyISAM padrão funciona muito bem para indexação, enquanto o InnoDB funciona bem para restrições de chave estrangeira. Essas restrições podem ajudá-lo a remover dados de várias tabelas quando sua consulta inicial aparece apenas em uma única tabela. Quase parece que você estava executando uma transação usando um mecanismo InnoDB. Escolha seu banco de dados e execute o seguinte para descobrir:
mysql> SHOW TABLE STATUS \G
Você deve poder recuperar seus registros se fizer login em algum lugar. Logging certamente coloca uma carga no seu sistema, mas se eles existirem, você provavelmente os encontrará aqui (você deve logar enquanto estiver construindo de qualquer maneira):
/var/log/mysql
Você pode alterar suas configurações aqui:
/etc/mysql/my.cnf
Não se esqueça de reiniciar depois de fazer alterações. Se você não tiver registros, tente travar o sistema intencionalmente depois de iniciar o registro. Você pode ver uma transação semelhante ocorrer durante a falha intencional que lhe dará mais algumas pistas.