Bem, na sua situação eu não tenho certeza e nunca tentei isso, mas você pode fazer isso (ênfase no poder):
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Copie o conteúdo das pastas do banco de dados do Exchange e do log de transações para um local seguro fora do servidor. Recrie o servidor usando o mesmo nome de computador e endereço IP de antes. Recrie o domínio usando os mesmos nomes FQDN e NETBIOS de antes.
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Recrie todas as contas de usuários como antes.
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Instale uma nova cópia do Exchange. Certifique-se de que os caminhos do banco de dados e do arquivo de log para o Exchange sejam exatamente como eram antes. Certifique-se de que os nomes do Grupo Administrativo e de quaisquer grupos de armazenamento, armazenamentos de caixas de correio e armazenamento de pasta pública sejam exatamente como eram antes.
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Marque os bancos de dados do Exchange como disponíveis para serem restaurados e desmontar os bancos de dados.
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Pare todos os serviços do Exchange.
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Copie o conteúdo das pastas do banco de dados e do log de transações para um local seguro.
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Copie o conteúdo do banco de dados antigo e das pastas do log de transações para o novo servidor.
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Reinicialize o servidor.
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Se a caixa de correio e os armazenamentos de pastas públicas forem montados, você deverá estar em casa gratuitamente. Você pode então reconectar as caixas de correio às contas de usuário apropriadas.
Se esse procedimento não funcionar, você pode tentar a mesma coisa com uma etapa adicional: Instale o Exchange uma segunda vez usando a opção de configuração / disasterrecovery. Isso pode permitir que você "engane" o Exchange para reinstalar usando as novas informações do AD com os bancos de dados antigos.
Se o else falhar, você está pensando em comprar um utilitário de terceiros para extrair o email dos arquivos originais do banco de dados. Isso provavelmente é muito caro.
Acho que cobri tudo e tenho dúvidas de que isso funcionará, por isso minha sugestão seria esperar até que outros entrassem em contato com sua pergunta.