Tente executar um rastreamento com o SQL Server Profiler nos dois servidores enquanto tenta executar a ação em seu aplicativo que está resultando nos tempos limite. Isso mostrará exatamente o que está acontecendo nas máquinas quando o tempo limite acabar.
E lembre-se de manter a mente aberta neste processo. Eu sei que você disse que acha que o DTC está causando o problema, mas na minha experiência, o DTC geralmente não causa tempos limites. Ele funciona ou não, e os erros lançados quando não estão configurados corretamente dizem explicitamente que o DTC não consegue iniciar a transação. Problemas de servidor vinculados que eu vi normalmente envolvem uma consulta remota que não está terminando ou uma consulta remota que precisa enviar muitos dados para o servidor de chamada.