Nós usamos o Subversion para fazer exatamente isso, e confie em mim - não é exagero. De modo nenhum. Especialmente quando duas pessoas fazem check-in em diferentes versões do mesmo INI e você vê a bela mensagem "Alterações mescladas", o que significa que você pode manter suas alterações ... Há até mesmo provedores gratuitos de SVN (e GIT) se você puder compartilhar o único login para todos.
Se você quer apenas o controle de versão para os arquivos de configuração do lado do servidor, tente um programa chamado FileHamster . Costumava ser livre (não sei se ainda é). É como um sistema de controle de versão local. Ele assistirá a qualquer pasta que você solicitar e manterá as revisões de cada alteração, que você poderá reverter.
Como é um usuário único, você não consegue mesclar e está sozinho para transferir os arquivos de configuração.