apenas faça de novo.
sério, pela primeira vez, a maioria dos arquivos serão transferidos perfeitamente, e aqueles que estavam em fluxo durante a cópia ainda terão a maioria dos dados corretamente. na segunda vez, o rsync copiará apenas as diferenças, corrigindo o que deu errado.
O que costumo fazer é copiar uma vez sem interromper qualquer processo. Isso pode levar horas ou até dias. depois faça novamente, pode levar vários minutos. Então eu faço isso de novo, desta vez é tão baixo quanto será. então eu paro os serviços, copio uma última vez e reinicio o serviço. o tempo de inatividade é geralmente inferior a 10 minutos.
claro, isso só pode ser feito para serviços que podem ser interrompidos. para coisas realmente impossíveis de parar, eu uso instantâneos de LVM. maneira mais complexa e lenta, mas garantida cópia 'point in time'.