Você pode alternar as teclas alt e super usando o painel de configuração do teclado. Eu uso o xmodmap para mudar as teclas da esquerda e fazer mais algumas coisas. Esta configuração parece ser mais confiável em relação a atualizações sucessivas do sistema. Aqui está meu .xmodmap anotado:
! xmodmap for macbook keyboard.
! Vertical and horizontal mouse/touchpad scrolls like a touch screen.
! Note that 5 4 and 7 6 are reversed.
pointer = 1 2 3 5 4 7 6 8 9 10 11 12
! Switch left command and option (super and alt).
clear mod1
clear mod4
keycode 133 = Alt_L
keycode 64 = Super_L
add Mod1 = Alt_L
add mod4 = Super_L
! Right command and option are common keys that can be remapped
! using keyboard short cuts.
keycode 134 = Menu Break
keycode 108 = Pause Clear
! Map expose and dashboard to keys that can be remapped
! using keyboard short cuts.
keycode 128 = F15
keycode 212 = F16