Provavelmente, sua melhor aposta é usar os pacotes PHP5.3 no Debian Experimental.
Eu não posso dizer a você como os pacotes Debian e Ubuntu são diferentes, mas eles devem funcionar razoavelmente bem. Talvez seja necessário recompilá-los para a versão do Ubuntu se várias bibliotecas precisarem de versões diferentes. Estes pacotes são o que aparecerão, de uma forma ou de outra, no Ubuntu 10.04.
Você está totalmente sozinho com eles. Se o seu sistema quebrar, você consegue manter os dois bits. Você pode considerar seguir a lista de discussão em [email protected]