Eu sofri esses mesmos problemas há anos. Como observado por Craig, placas-mãe de marca tendem a permitir que você faça menos do que algumas placas-mãe de consumo em relação a esses controles. Eu construí todos os meus sistemas usando o IBM xSeries, e tem sido muito difícil isolar a placa em um IRQ exclusivo. O firmware mais recente de alguns cartões é incompatível com alguns servidores x3200 (perde muito o IRQ)
Tente desabilitar todos os dispositivos não usados (portas USB, paralela, serial, IDE se os discos forem SAS, RAID planar se não for usado, portas Ethernet não usadas etc.), isso liberará algumas linhas de IRQ e provocará um recálculo. Caso contrário, remova todos os cartões e comece do zero, adicionando um cartão por vez. Às vezes você consegue encontrar um, às vezes não.
Não que isso responda à sua pergunta, mas você também pode substituir um dos cartões por algum dispositivo externo ou outra marca. Hoje em dia eu compro Sangoma com resultados muito melhores, cansei-me da Digium e dos seus problemas com os IRQs. Outras opções são dispositivos externos como Redfone (conecta via Ethernet) ou Xorcom (conecta via USB). Estes têm interfaces E1 / T1. Se estiver procurando por portas FXO / FXS, há muitos ATAs para escolher (experimente Audiocodes)