Você pode usar mod_auth_sspi com o Apache para ativar a autenticação NTLM ( dê uma olhada nesta postagem .
Outra maneira de fazer isso com a autenticação básica é com o mod_authnz_ldap para ativar o LDAP autenticação (autenticação básica) no Apache, o que permitirá que ele fale com o Active Directory para autenticação.