Você tem algumas opções dependendo de qual é sua configuração: a) se você tiver replicação ou logs binários ligados, você pode desligá-lo e mover / remover os logs binários para liberar algum espaço - isso parece uma solução temporária b) se você usar o innodb e tiver grandes arquivos de log do innodb, poderá ajustá-los para tamanhos menores - não ótimo para o desempenho, mas liberará algum espaço c) se você usar o lvm você pode tentar estas instruções para esticar sua partição link