Verifique em qual zona de segurança no Internet Explorer o FQDN pertence. Dependendo da sua versão do IE (acho que qualquer coisa depois do IE6), o FQDN deve estar na Zona da Intranet.
Você pode encontrar a configuração da zona de segurança no Painel de controle - > Opções da Internet - > Segurança se você não estiver familiarizado com essas configurações.