A maneira mais simples de fazer isso é via Citrix - publicar um conjunto de atalhos para um grupo de usuários e um para o outro.
Se você tiver que controlar qual aplicativo é iniciado pelo Windows para um determinado usuário, defina o associação de arquivos por usuário . Você teria que fazer o script da configuração disso (o que você poderia fazer pelo GPO ou algo como login scripts).