A última vez que eu programei no Glade / GTK, ele não exigiu "gtk-builder-convert". O arquivo .glade que a glade fornece é o próprio arquivo xml que você precisa. Apenas programe seu código como se você já tivesse convertido o arquivo para .xml (btw, eu estou usando o glade 3.12.1). Como:
#include <gtk/gtk.h>
void on_window_destroy (GtkWidget *object, gpointer user_data) {
gtk_main_quit();
}
int main (int argc, char *argv[]) {
GtkBuilder *builder;
GtkWidget *window;
gtk_init (&argc, &argv);
builder = gtk_builder_new ();
gtk_builder_add_from_file (builder, "ui.glade", NULL);
window = GTK_WIDGET (gtk_builder_get_object (builder, "window1"));
g_signal_connect (window, "destroy", G_CALLBACK (on_window_destroy), NULL);
gtk_widget_show (window);
gtk_main ();
return 0;
}