Durante o --skip-grant-tables, você não pode usar as instruções GRANT ou REVOKE, então você não pode usar as funções internas para criar / remover usuários.
Você quer essencialmente criar / editar uma linha na tabela mysql.user. Para fazer isso sozinho:
- Use o mysqldump em outra máquina para pegar a linha do usuário root do mysql.user. Em seguida, execute o comando de consulta INSERT resultante no banco de dados "mysql". Isso copiará efetivamente as permissões globais para esse usuário, incluindo sua senha. Lembre-se de executar os PRIVILÉGIOS FLUSH; depois de inserir a linha.
- Como alternativa, escolhi uma linha de acesso ao estilo raiz para você. Para um servidor MySQL 5, as seguintes consultas criarão um usuário de acesso completo com nome de usuário "toor", senha "mypassword":
Link Pastebin (editar: a consulta estava quebrando a interface SF)
O usuário criado tem acesso somente a partir do host local. Boa sorte!