Estou procurando a mesma coisa. Para versionamento no local, eu uso o Allway Sync, que é configurado para sincronizar a cada 3 horas, e movo arquivos alterados ou excluídos para uma pasta especial no destino. Nós usamos uma cápsula do tempo (eu sou um cara de maçã, e precisávamos de algo o mais rápido possível enquanto o nosso servidor morria, então eu dirigi até a loja de maçã mais próxima e peguei uma, como eu sabia que era bom para o trabalho) e, em seguida, uma caixa do windows para fazer o backup em seu HD.
Eu estou procurando algo para fazer backups off-site confiáveis usando FTP - Eu tentei o Allway Sync, mas depois de uma hora ele falha dizendo connection_is_dead ... O que pode ser culpa do (mt), não percebi isso fora ainda.