A resposta curta é que você provavelmente está procurando reconstruir a máquina do zero se achar que precisa reinstalá-la.
Eu sempre preferi fazer uma instalação limpa (que está reformatando o volume da raiz). Se você seguiu boas práticas, especificamente
- toda a sua configuração está no controle de origem ou no gerenciamento automático, então é apenas uma questão de levar a máquina ao ponto em que suas ferramentas automatizadas podem inicializar o restante
- seus dados são armazenados em um volume separado ou você tem um backup atual em outro local.
Em seguida, a reconstrução deve ser bastante simples, mas provavelmente demorada.