Veja o Wiki - Controle de fãs
Fan Types:
Common cooling fans will have either two, three, or four pins on the connector.
Two-pin fans operate either as an on/off fan, or can be controlled by varying the voltage.
Three-pin fans add a tachometer reporting wire so the controlling system can measure the actual speed.
Four-pin fans add a fourth wire to control fan speed using PWM (Pulse-width modulation.)
O conector de 4 pinos permite o controle da velocidade do ventilador. O conector de 3 pinos apenas permite a detecção da velocidade do ventilador. O que você tem é, infelizmente, com um conector de 3 pinos.
Você precisa de algo como Controlador de ventoinha ZALMAN FAN MATE 2 para controlar a velocidade.