Tenho uma resposta sobre o MS technet: O Namespace DFS e a Replicação DFS podem ser executados independentemente um do outro, portanto, no seu caso, a Replicação DFS não deve ser interrompida.
Namespace DFS Virtualiza os compartilhamentos de arquivos para que vários servidores com os mesmos arquivos possam ter a tarefa de compartilhar os arquivos.
Replicação DFS Lida com a sincronização de vários sistemas de arquivos.
Eu fiz isso - desativei um alvo nos namespaces e sim a replicação continua. Confirmado