Eu acho que você está correto com a suposição de que a interface usada é o problema.
Talvez você possa forçar o uso da interface, fornecendo um endereço de transmissão mais limitado. Assumindo que sua rede LAN é 192.168.10.0/24
, tente
sudo wakeonlan -i 192.168.10.255 <mac address>
(isso não foi testado, apenas algo para tentar).
Se isso não funcionar: etherwake
permite especificar a interface com a opção -i
e está disponível nos repositórios do Debian.