Com o RDS isso é fácil. Você terá algum tempo de inatividade que depende da quantidade de dados. Por uma pequena instância por hora, para um grande exemplo, reserve um dia. A parte boa é que depois de criar o instantâneo, você pode testar de maneira independente, sem afetar sua instância.
Tudo é realizado no Console AWS RDS.
1) Crie um instantâneo da sua instância do RDS.
2) Copie o instantâneo selecionando uma nova chave mestra.
3) Restaure a instância ou crie uma nova instância a partir do instantâneo.
Nota: Para itens como este que modificam dados, prefiro apenas criar uma nova instância do RDS. Verifique tudo e depois desligue a instância antiga.