Não há nada na configuração do IIS que tenha influência sobre como um navegador obtém as credenciais a serem enviadas para o servidor.
Uma solução alternativa para o seu problema é:
Certifique-se de que a conta do Windows necessária para fazer login no site também seja um usuário no sistema operacional Windows do usuário.
Faça o usuário iniciar uma instância separada do IE sob essa segunda conta de usuário e, se configurado para efetuar login automaticamente, ela deverá funcionar sem inserir as credenciais novamente.