O que você vai querer é uma corrida de fibra monomodo. Você pode adicionar os módulos SFP apropriados para 1000BASE-LX ou 10GBASE-LR aos seus switches. Você não pode empilhar um EX2200 com o EX3300, mas pode configurar um link comutado.
Conectar as interfaces de fibra não é diferente do que conectar os cabos de cobre usuais. Você configura todas as VLANs em cada lado que devem atravessar a fibra, agregar várias portas, ...
As VLANs precisam ser configuradas exatamente da mesma maneira em ambos os lados. Uma VLAN pode permanecer desmarcada, todas as outras VLANs precisam ser marcadas.