Instale o xcompmgr
sudo apt-get install xcompmgr
e adicione-o aos seus aplicativos de inicialização.
O Xcompmgr é um gerenciador de composição que funciona na maioria das situações em que outros gerenciadores de composição não o fazem, e pode até ser usado junto com gerenciadores de janela como openbox e icewm ou metacity (com composição desabilitada em metacity).