Se não tiver certeza, use os padrões até que haja um problema que você possa rastrear até uma determinada configuração. Os padrões devem ser um ponto de partida sensato para as necessidades exibidas pela maioria dos usuários. O que é melhor para você depende do seu tráfego específico.
Se você sabe que está rodando em um pequeno Linode ou Droplet e o provedor fornece um howto, provavelmente é útil seguir isso, somente naquele sistema.
Só ajuste as configurações de tempo limite se estiver vendo erros de tempo limite. Estes podem ser 504 tempos limite do gateway vistos no navegador. Você também deve ver os erros de conexão de backend nos logs do Nginx. Se sua pesquisa sobre esses erros fizer com que você acredite que eles foram causados por configurações de tempo limite, altere-as.