Não tenho certeza se entendi direito. Se você quiser instalar o Ubuntu na partição win98 e deixar uma partição win98 como está no momento.
Se isso estiver correto, você pode usar o wubi.exe para instalar o Ubuntu apenas no sistema de arquivos win98. Você pode encontrar o arquivo wubi.exe na página de download do Ubuntu .
Se você quiser substituir a partição win98, basta instalar o Ubuntu a partir do live CD e escolher a primeira partição a ser substituída pela instalação do Ubuntu durante o processo de instalação.