If I do have multiple domains on the server will this have a negative impact?
Não. Com hosts virtuais baseados em nome ou vários endereços IP, um único host pode responder com vários serviços ou sites da Web a diferentes nomes de domínio.
Defina o nome do host para algo único e lógico. Convenção é colocar no DNS, então web1.example.com ou o que quer que resolva isso.