O subdiretório newcerts para uma CA é o parâmetro "new_certs_dir" no arquivo de configuração openssl ( /etc/ssl/openssl.cnf
em muitos dists do linux).
O nome do arquivo em si (o 1000.pem, 2000pem, etc na sua pergunta) é especificado com o parâmetro -out
ao criar o certificado.