Em vez de usar "net use" para autenticar e mapear uma unidade, tente usar "cmdkey / add: nome_do_servidor / user: domain \ user / pass: password"
Faça sua cópia e execute "cmdkey.exe / delete: servername"
Considere também o uso de "robocopy.exe" com a opção "/ move". O Robocopy é muito mais "robótico" do que os comandos mover ou copiar e tentará repetidamente copiar o arquivo até que seja fechado.
Observe que o servidor FTP manterá o arquivo aberto até que seja totalmente recebido, para que você não obtenha um arquivo parcial e culpe o servidor.