Não. Apenas funciona. Não é incomum que as organizações tenham namespaces DNS diferentes para seus domínios AD e SMTP, portanto você não está sozinho aqui.
Não há literalmente nenhum truque ou solução alternativa necessária, basta configurá-lo e funciona. Em nossa organização, sincronizamos de um controlador de domínio em um domínio filho para o Azure e o Office 365 para email. Nós temos outro domínio na floresta também fazendo o mesmo. Seu domínio é pelo menos no mesmo namespace que o domínio SMTP (mesmo que não seja o mesmo subdomínio), o nosso não está no mesmo namespace. Ambos funcionam bem.
Existem algumas outras considerações se você tiver uma configuração como essa (por exemplo, vários locatários na mesma floresta), mas, para o que está fazendo, parece que não será um problema.
TL; DR não é nem uma consideração. Vai ficar bem.