O sistema operacional pode ser impresso remotamente, mesmo sem um site. O que você está tentando conseguir, querendo esconder toda essa informação? Isso definitivamente não irá impedir ataques e sondagens de seus serviços públicos.
Por exemplo, qualquer CMS gerará páginas da Web com algum conteúdo específico (como nomes ou IDs de classes CSS, etc…). Assim, analisar a página HTML que os usuários retornam pode fornecer informações sobre seu produtor, o que você estiver fazendo em um nível HTTP com a configuração do servidor da Web.