Os controladores RAID armazenam a configuração RAID no próprio controlador e os discos também. Quando discos com uma configuração RAID existente estão conectados a um controlador RAID diferente, o controlador usa a configuração nos discos para "reconstruir" o próprio. Então, para você, deve ser tão simples quanto trocar os controladores e deixar o novo controlador pegar a configuração dos discos.
Independentemente disso, para qualquer operação como essa, é altamente recomendável obter pelo menos uma cópia de backup / sombra de imagens antes de continuar.